O Mosteiro de Alcobaça é a primeira obra completamente gótica em Portugal. A sua construção começou em 1178 pelos monges de Cister que em 1834 foram obrigados a abandonar o mosteiro, na sequência da expulsão de todas as ordens religiosas de Portugal.
Os religiosos de Cister deviam viver do seu trabalho, não acumular riquezas, e os mosteiros seriam edificados em lugares ermos, sem qualquer decoração. Bernardo de Claraval, que se recolhera em 1112 em Cister, donde saiu para fundar outra abadia animou bastante esta reforma que restituiu à Regra de S. Bento com todo o rigor inicial. Enquanto D. Afonso Henriques se empenhava na Reconquista, chegaram ao território português os monges Cistercienses que fundaram o Mosteiro de São João Baptista de Tarouca em 1140.
D. Afonso Henriques doou muitas terras na região de Alcobaça a S. Bernardo, em cumprimento da promessa feita, em 1147, quando da conquista de Santarém. A construção provisória do mosteiro em Alcobaça começa em 1152 e a carta de doação foi assinada por D. Afonso Henriques no ano seguinte.
Os primeiros monges de Alcobaça, monges brancos, tiveram uma acção civilizadora notável: em 1269 abrem a primeira escola pública. Também desempenharam acções de assistência e beneficência através da boticária a farmácia, e da esmola da portaria.
A Igreja é uma das maiores abadias cistercienses. A sua arquitectura é um reflexo da regra beneditina da procura da modéstia, da humildade, do isolamento do mundo e do serviço a Deus. Os cistercienses partilhavam estas ideias, ornamentando e construindo a estrutura das suas igrejas de forma simples e poupada. Apesar da sua enorme dimensão, o edifício apenas sobressai através dos seus elementos de estrutura necessárias que se dirigem ao céu.
A concepção arquitectónica deste monumento, desprovida de decoração e sem imagens, como ordenava a Ordem de Cister, apresenta uma grandiosidade e beleza indiscutíveis. As naves central e laterais são inteiramente abobadadas, praticamente da mesma altura, dão a sensação de amplo espaço, a que o processo de iluminação, românico ainda, dá pouca luz e o torna maior.
O monumento tem sido sempre encarado como uma excepção no quadro do modo gótico produzido em Portugal como uma peça única e experimental sem antecedentes nem descendentes
Dentro da igreja encontram-se os túmulos dos Reis D. Afonso II (1185-1223) e de D. Afonso III (1210-1279). Diante destes túmulos, numa sala lateral, posicionam-se oito outros túmulos: D. Beatriz, mulher de D. Afonso III, e três dos seus filhos. Um outro sarcófago pertence a D. Urraca, a primeira mulher de D. Afonso II. Não se conhece a história dos outros sarcófagos estando estes, vazios após terem sido novamente selados entre 1996 e 2000.
Os túmulos de D. Pedro I (1320-1367), com o cognome O Terrível ou também O Justo, e o de D. Inês de Castro (1320-1355), ainda hoje atribuem um grande significado e esplendor à igreja. Os túmulos pertencem a uma das maiores esculturas tumulares da Idade Média. Quando subiu ao trono, D. Pedro I tinha dado ordem de construção destes túmulos para que lá fosse enterrado o seu grande amor, D. Inês, que tinha sido cruelmente assassinada pelo pai de D. Pedro I, D. Afonso IV (1291-1357). Este pretendia, também, ser ele próprio ali enterrado após a sua morte. As cenas, pouco elucidativas, representadas nos túmulos, ilustram cenas da História de Portugal, são de origem bíblica ou recorrem simplesmente a fábulas.
D. Pedro I casou em 1336, em segundas núpcias, com D. Constança Manuel (1318-1345), uma princesa castelhana. Devido a várias guerras entre Portugal e Castela, D. Constança só chegou a Portugal em 1339. No seu séquito, ela trazia a camareira Inês de Castro, que provinha de uma antiga e poderosa família nobre galega. D. Pedro I apaixonou-se por ela.
Em 1345, D. Constança morrera catorze dias após o parto do seu filho sobrevivente, D. Fernando I. D. Pedro I passou a viver publicamente com D. Inês, nascendo desta relação três filhos. O pai de D. Pedro I, D Afonso IV, não aceitou esta relação, combatendo-a e, em 1355, condenou D. Inês à morte por alta traição.
Após subir ao trono, D. Pedro I vingou a morte da sua amada (afirmando ter-se casado com ela em segredo no ano de 1354) e decretou que se honrasse D. Inês como rainha de Portugal. Quando em 1361 os sarcófagos estavam prontos, D. Pedro I mandou colocá-los na parte sul do transepto da igreja de Alcobaça e trasladar os restos mortais de D. Inês de Coimbra para Alcobaça, sob o olhar da maior parte da nobreza e da população. No seu testamento, D. Pedro I determinou ser enterrado no outro sarcófago de forma a que, quando o casal ressuscitasse no dia do Juízo Final, se olhassem nos olhos (de acordo com as fontes, só existiria o pedido de ser lida diariamente uma missa junto aos seus túmulos).
No dia 1 de Agosto de 1569, o rei D. Sebastião I (1554-1578), cujo tio era o cardeal D. Henrique, abade de Alcobaça, mandou abrir os túmulos. De acordo com os relatos de dois monges presentes, enquanto os túmulos eram abertos, o rei recitava textos alusivos ao amor de D. Pedro e de D. Inês.
Durante a Invasão Francesa do ano de 1810 os dois túmulos não só foram danificados de forma irreparável, como ainda foram profanados pelos soldados. O corpo embalsamado de D. Pedro foi retirado do caixão e envolvido num pano de cor púrpura, enquanto a cabeça de D. Inês, que ainda continha cabelo louro, foi atirado para a sala ao lado, para junto dos outros sarcófagos Os monges reuniram posteriormente os elementos dos túmulos e voltaram a selá-los.
A Sala do Capítulo servia às assembleias dos monges e era, depois da igreja, a sala mais importante do Mosteiro. O seu nome deve-se às leituras que eram feitas a partir dos capítulos das regras beneditinas. Por outro lado, essa sala era o lugar das votações e de outros actos semelhantes feitos pelos monges.
Antigamente, o chão desta sala estava todo ele coberto por estas placas funerárias pois, de acordo com uma regra cisterciense do ano de 1180, os abades deviam ser enterrados na Sala do Capítulo. Assim, os monges eram obrigados a tomar as suas decisões em cima dos túmulos de abades falecidos. Este género de enterro era uma grande excepção dentro da ordem cisterciense pois, normalmente, os enterros estavam proibidos dentro dos mosteiros.
No Parlatório os monges estavam autorizados a falar com um representante do abade. Por princípio, os monges estavam obrigados ao silêncio, com excepção da reza, e só se podiam transmitir informações muito necessárias. Por esse motivo, muitos utilizavam uma linguagem gestual.
De acordo com as regras cistercienses antigas, a carne e as matérias gordas estavam proibidas aos monges. Abria-se uma excepção no caso de doença, podendo os monges comer carne na enfermaria. No ano de 1666, o Papa Alexandre VII autorizou o consumo de carne três vezes por semana. Esta autorização desencadeou uma mudança radical nos costumes dos monges, estando a sua pequena cozinha, tecnicamente, impreparada.
No Refeitório por cima da entrada encontra-se uma inscrição em latim:
"respicte quia peccata populi comeditis" (lembrem-se que estão a comer os pecados do povo).
